Η διοίκηση και διαχείριση του Ειδικού Λογαριασμού πραγματοποιείται από τα όργανά του και είναι ανεξάρτητη από τη διοίκηση και διαχείριση του ΟΠΑ. Η Διοίκηση του ΟΠΑ παρακολουθεί και ελέγχει τη λειτουργία και τα πεπραγμένα του Ειδικού Λογαριασμού.
Σύμφωνα με τις διατάξεις του νόμου 4485/2017, όργανα διοίκησης και διαχείρισης του ΕΛΚΕ είναι:
- Η Επιτροπή Ερευνών και Διαχείρισης
- Ο Πρόεδρος της Επιτροπής Ερευνών και Διαχείρισης
Η Επιτροπή Ερευνών και Διαχείρισης του ΕΛΚΕ συγκροτείται με απόφαση του Πρύτανη και αποτελείται από εκπροσώπους όλων των τμημάτων και τον Αντιπρύτανη Έρευνας, ως Πρόεδρο.